Beliau menyebarkan ilmu yang diperoleh dengan cara berkelana. Enggan tinggal di keraton Kesultanan Banjar karena Belanda sudah mulai campur tangan pada saat itu.
Beliau berjuang dengan menulis dua buah kitab. Kansuz sa’adah (Perbendaharaan Keberuntungan) dan Ad Durrun Nafis (Permata yang Indah). Kitab Ad Durrun Nafis adalah ilmu tasawuf yang berat menjelaskan tentang keesaan Allah dari segi zat, sifat, asma dan af’al. Kitab ini untuk melepaskan diri dari syirik khafi, ujub, dan riya kepada Allah SWT. Tapi, kitab ini tidak bisa dipelajari oleh sembarangan orang. Kecuali mereka yang sudah mantap ilmu fiqih, tasawuf, tauhid, dan makrifat, atau melalui bimbingan seorang guru yang mursyid.
Selain seorang sufi, Syekh Muhammad Nafis Al Banjari juga seorang penganut dan penganjur yang merupakan ciri Neo-Sufisme (tasawuf pemahaman baru). Ternyata kitab tersebut membuat Belanda khawatir lantaran dapat mendorong masyarakat untuk melakukan jihad dan melakukan perlawanan.
Belanda melancarkan siasat untuk membendung masyarakat agar tidak membaca kitab tersebut. Melarang dan pengharaman bagi yang mempelajari kitab Ad Durrun Nafis, karena bisa membuat seseorang biasa menjadi sesat.
Kepala Bidang Kebudayaan pada Dinas Pendidikan Kebudayaan (Disdikbud) Kabupaten Tabalong, Masdulhak Abdi mengatakan kondisi tersebut membuat syekh yang seorang pemikir Islam ulung ini dicekal. "Walaupun banyak yang tidak atau kurang sependapat dengan ajaran tercantum dalam kitab tersebut, tidak sedikit pula dapat menerimanya," jelasnya.
Buktinya, kitab Ad Durrun Nafis dicetak dan diterbitkan kembali baik di dalam negeri maupun luar negeri.
Dalam perkelanaannya, Syekh Muhammad Nafis juga memutuskan untuk hijrah menuju ke arah utara kesultanan Banjar. Menyebarkan ajaran Islam ke daerah Kelua, Kabupaten Tabalong. Lokasinya berbatasan langsung dengan wilayah Kalimantan Tengah.
Masyarakat Kelua menyambutnya dengan antusias. Bahkan sudah melakukan kontak dengan tokoh-tokoh dari desa sampit alias desa kecil di situ. Tepat di rumah Gusti Musa, syekh pun memilih menjadi tempat istirahat.
Kehadirannya di Kelua diikuti rombongan Syekh Muhammad Arsyad Al-Banjari. Begitu memasuki rumah Gusti Musa, dan setelah beradu pandang, pada saat itulah Syekh Muhammad Nafis bin Idris Husein Al-Banjari tiba-tiba berpulang ke Rahmatullah. Rupanya, wafatnya Syekh Muhammad Nafis sesuai dengan apa yang diisyaratkan pada pertemuan dengan Syekh Muhammad Arsyad Al-Banjari sebelumnya di Masjidil Haram.
Dalam perkembangannya anak desa sampit menjadi permukiman baru penduduk Islam yang meneruskan perjuangan melawan penjajah dengan kepemimpinan Penghulu Rasyid. Selain itu, mereka terus berkembang membuka areal persawahan dan perkebunan yang kini dikenal dengan Desa Bahungin atau Desa Binturu, Kecamatan Kelua, Kabupaten Tabalong. "Di sanalah Syekh Muhammad Nafis bin Idris bin Husein Al-Banjari dimakamkan," ujarnya.
Wafat sang ulama sekitar tahun 1812 Masehi. Selanjutnya keturunan-keturunan beliau bergelar Gusti. Salah seorang ahli waris Muhammad Nafis Al Banjari yang tinggal di Jeddah Saudi Arabia bernama Gusti Omar bin Gusti Mahmod bin Gusti Mustafa bin Gusti Muhammd Thaif bin Pangeran H Muhammad Nafis Al-Banjari. "Mereka sempat mengirimkan ucapan terima kasih kepada Pemerintah Kabupaten Tabalong melalui surat yang ditulis pada tanggal 25 September 2001," terang Masdulhak Abdi.(ibn) Editor : Muhammad Helmi